Estos tres retablos son de hechura barroca, realizados también sin duda en la misma época que la iglesia. El retablo del altar mayor está formado por tres calles, enmarcada la central por dos grandes columnas, coronadas ambas por capiteles de orden compuesto. Sobre esta hornacina central, en cuyo interior se venera en la actualidad la imagen de San Roque, la única que, a lo que parece, sobrevivió a la guerra, de hechura popular, que no es original de ella, se observa, partiendo de un frontón de trazo curvo, y en una nube de estuco, el símbolo de María, lo que hace suponer que en su origen se veneraba aquí alguna talla o escena relativa a la vida de la Virgen, quizá la propia Natividad que es la advocación de la iglesia.

          El altar está profusamente decorado de angelotes y rocallas, elementos traídos a Cuenca pocos años antes por el arquitecto turolense Martín de Aldehuela, Maestro Mayor de Obras del Obispado, que recuerdan al estilo rococó de Centroeuropa y el barroco italiano de Borromini. Debajo de este nicho, rodeando al sagrario, dos columnas abalaustradas, más anchas por el centro que por los extremos, decorados con motivos de la Pasión.

          Por lo que se refiere a los dos altares laterales, el mayor, situado en el crucero, en el lado del Evangelio, tiene también tres calles, y poco es lo que puede decirse de él, más que está también decorado con los mismos motivos barrocos que el altar mayor. En el pequeño se venera ahora a la Virgen de Tejeda, cuyo sitio original está en la ermita, hoy abandonada, que le daba nombre. Mucho más sencilla que la otra en su conjunto, con nicho único, que sin embargo, presenta una decoración más profusa, sobre todo en su parte superior, que corona una pequeña pintura de la Virgen con el Niño en brazos. Hay restos de que hubieran existido otros dos altares, simétricos e iguales a estos dos últimos altares comentados, que se han perdido.