Finalizada la Guerra Civil Castellana,
concluida la Reconquista y descubierta América, el Siglo XVI va a ser la época de
inicio de un desarrollo importante de los pueblos de la meseta, que van a experimentar un
notable aumento de habitantes y un proceso de modernización de la agricultura (ya
iniciado en el Siglo XIII) con roturación de nuevas tierras y cambio de los hábitos de
cultivo pasando del tradicional sistema de rotación bienal (mitad siembra, mitad
barbecho) al trienal (una parte barbecho, una parte trigo y otra parte para cereal de
inferior calidad: centeno, avena...) Se mejora el utillaje agrícola (que prácticamente
es el que se ha venido utilizando hasta hace 40 años): así, por ejemplo, se pasa a
utilizar el yugo frontal y la collera de espaldilla que hace que los animales respiren
mejor y tengan mas capacidad de trabajo (antes se utilizaba una banda de cuero ceñida al
cuello del animal que oprimía la tráquea, mientras que con la collera la fuerza se
ejerce en los hombros y se consigue una fuerza de tracción cuatro veces mayor). No
obstante lo anterior y a pesar de las innovaciones, la época fue dura para el
campesinado, como corresponde a un sistema feudal en lo personal y económico, con unas
míseras condiciones de vida en el que se ceban las grandes mortandades consecuencia de
las epidemias.
A lo largo de este Siglo XVI, Villalgordo va a seguir formando parte
del Señorío de Villarejo de Fuentes del que instituyeron mayorazgo el 9 de octubre
de 1.505 D. Luis Pacheco de Silva y su esposa Dª Ana Gondelmario, a favor de su hijo
Diego Pacheco, que luego fue desheredado "por ser muy destruidor, disipador y
jugador", pasando a ser Segundo Señor de Villarejo de Fuentes, Alconchel,
Almonacid, Villalgordo, Fuente el Lobo y La Osilla, su hermano D. Juan Pacheco de Silva. A
este le sucede en el Señorío, D. Luis Pacheco de Silva y Alarcón que muere en 1.605.